（依補助經費高低排列）
國立臺灣大學
共獲新臺幣30億元補助人文社會、奈米科技、資訊電子科技整合、醫學、整合性生命科學與生物技術、永續發展與防災科技、神經生物與認知科學
國立成功大學
共獲新臺幣17億元補助基因調控與訊息傳遞、海洋環境及工程、前瞻材料及微奈米、心血管疾病、免疫學、物理治療、尖端光電、永續環境、地球動力系統、替代性能源、東亞人文與區域文化研究
國立清華大學
共獲新臺幣10億元補助奈米與材料、生物科技、資通訊技術、能源與環境、基礎科學、人文社會與科技管理
國立交通大學
共獲新臺幣8億元補助跨領域基礎科學、光電跨領域科技、尖端電子資訊、跨領域生物科技、先進超快雷射
國立中央大學
共獲新臺幣6億元補助地球系統科學與環境科技、電漿科技與複雜系統、應用資訊與創意內容、太空科技與天文、光學與光電
國立中山大學
共獲新臺幣6億元補助晶體光電科技、海洋科學、微奈米分析技術、電子商務與科技創新
國立陽明大學
共獲新臺幣5億元補助基因體研究、腦科學
國立中興大學
共獲新臺幣4億元補助生物科技、仿生奈米暨先端產業精密製程、環境保育暨防災科技
國立政治大學
共獲新臺幣3億元補助商管、傳播、兩岸與外交
長庚大學
共獲新臺幣3億元補助分子醫學
元智大學
共獲新臺幣3億元補助燃料電池、通訊科技
國立臺灣科技大學
共獲新臺幣3億元補助建築科技
國立臺灣海洋大學
共獲新臺幣1億4千萬元補助頂尖研究中心：水產生物科技
中原大學
共獲新臺幣1億4千萬元補助頂尖研究中心：薄膜科技
臺北醫學大學
共獲新臺幣1億元補助頂尖研究中心：中風研究
國立中正大學
共獲新臺幣9千萬元補助頂尖研究中心：臺灣人文
國立臺灣師範大學
共獲新臺幣9千萬元補助頂尖研究中心：教育評鑑與發展
第一期第二梯次各校每年補助金額與重點發展領域
（依補助經費高低排列）國立臺灣大學
共獲新臺幣30億元補助人文社會、奈米科技、資訊電子科技整合、醫學、整合性生命科學與生物技術、永續發展與防災科技、神經生物與認知科學
國立成功大學
共獲新臺幣17億元補助基因調控與訊息傳遞、海洋環境及工程、前瞻材料及微奈米、心血管疾病、免疫學、物理治療、尖端光電、永續環境、地球動力系統、替代性能源、東亞人文與區域文化研究
國立清華大學
共獲新臺幣12億元補助奈米與材料、生物科技、資通訊技術、能源與環境、基礎科學、人文社會與科技管理
國立交通大學
共獲新臺幣9億元補助跨領域基礎科學、光電跨領域科技、尖端電子資訊、跨領域生物科技、先進超快雷射
國立中央大學
共獲新臺幣7億元補助地球系統科學與環境科技、電漿科技與複雜系統、應用資訊與創意內容、太空科技與天文、光學與光電
國立中山大學
共獲新臺幣6億元補助晶體光電科技、海洋科學、微奈米分析技術、電子商務與科技創新
國立陽明大學
共獲新臺幣5億元補助基因體研究、腦科學
國立中興大學
共獲新臺幣4.5億元補助生物科技、仿生奈米暨先端產業精密製程、環境保育暨防災科技
長庚大學
共獲新臺幣3億元補助分子醫學
國立政治大學
共獲新臺幣2億元補助商管、傳播、兩岸與外交
國立臺灣科技大學
共獲新臺幣2億元補助建築科技
國立臺灣海洋大學
共獲新臺幣9千萬元補助重點領域研究：水產生物科技
元智大學
共獲新臺幣9千萬元補助重點領域研究：燃料電池
高雄醫學大學
共獲新臺幣9千萬元補助重點領域研究：環境醫學
中原大學
共獲新臺幣7千萬元補助重點領域研究：薄膜
計劃之一流大學項目各校考評結果
（※考評結果相同者，依第二階段補助額度排列）http://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%99%BC%E5%B1%95%E5%9C%8B%E9%9A%9B%E4%B8%80%E6%B5%81%E5%A4%A7%E5%AD%B8%E5%8F%8A%E9%A0%82%E5%B0%96%E7%A0%94%E7%A9%B6%E4%B8%AD%E5%BF%83%E8%A8%88%E5%8A%83
| 2008年 | 2007年 | 2006年 | 大學名稱 |
| 優 | 優 | 優 | 國立臺灣大學 |
| 優 | 優 | 良 | 國立成功大學 |
| 優 | 優 | 優 | 國立清華大學 |
| 優 | 優 | 優 | 國立交通大學 |
| 優 | 優 | 優 | 國立中央大學 |
| 優 | 良 | 優 | 國立陽明大學 |
| 優 | 良 | 優 | 長庚大學 |
| 良 | 良 | 良 | 國立中山大學 |
| 良 | 良 | 良 | 國立中興大學 |
| 良 | 良 | 良 | 國立臺灣科技大學 |
| 可 | 可 | 良 | 國立政治大學 |
人生就是場單程旅行，勇往直前，享受路上的每個瞬間。Life is a one-way trip. Keep going forward and enjoy every single moment on the road.
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